Pendidikan tinggi di Indonesia tidak hanya dikelola oleh Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi serta Kementerian Agama. Sebanyak 24 kementerian/lembaga (K/L) lain juga mengelola perguruan tinggi dengan jumlah mahasiswa relatif sedikit, tetapi pembiayaan jauh lebih besar.
Alokasi anggaran pendidikan sebesar 20 persen dari APBN yang setiap tahun turut dialokasikan kepada 24 K/L di luar kementerian inti pendidikan terus menjadi sorotan. Bahkan sejak 2018, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) telah merekomendasikan pembenahan tata kelola perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL). Namun, hingga kini perubahannya dinilai belum signifikan.
Laporan Panitia Kerja (Panja) PTKL Komisi X DPR Masa Sidang III Tahun 2025–2026 tertanggal 27 Januari 2026 memaparkan berbagai temuan bahwa banyak PTKL tidak lagi berfokus pada penyelenggaraan pendidikan kedinasan. Sebaliknya, banyak PTKL membuka program studi nonkedinasan.
Kondisi itu memunculkan tumpang tindih dengan perguruan tinggi negeri maupun perguruan tinggi swasta di bawah Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi dan Kementerian Agama. Padahal, PTKL memiliki biaya operasional pendidikan lebih tinggi dengan jumlah mahasiswa lebih sedikit.
Di tengah masih terbatasnya akses pendidikan tinggi bagi lulusan SMA/SMK—dengan angka partisipasi kasar (APK) pendidikan tinggi sekitar 32 persen—pengistimewaan PTKL dinilai tidak adil. Kebijakan tersebut juga dianggap mempersempit ruang fiskal negara untuk memperluas akses dan mempercepat peningkatan partisipasi anak muda Indonesia ke perguruan tinggi.
Panja PTKL Komisi X DPR mengungkapkan, dalam APBN 2025, alokasi anggaran fungsi pendidikan untuk perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL) mencapai 39 persen dari total anggaran pendidikan, dengan jumlah mahasiswa sekitar 200.000 orang.
Sebaliknya, anggaran fungsi pendidikan yang dikelola Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi hanya sekitar 22 persen, padahal menaungi sekitar 3,9 juta mahasiswa perguruan tinggi negeri (PTN) dan 4,4 juta mahasiswa perguruan tinggi swasta (PTS).
Postur anggaran pendidikan dalam APBN 2025 mencapai Rp 724,26 triliun. Dari jumlah tersebut, alokasi anggaran pendidikan pada kementerian/lembaga (K/L), termasuk perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL), mencapai Rp 104,47 triliun.
Sementara itu, Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah menerima alokasi Rp 33,54 triliun, Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi sebesar Rp 57,68 triliun, dan Kementerian Agama sebesar Rp 65,92 triliun.
Ketimpangan itu dinilai menunjukkan sebagian besar anggaran pendidikan justru terserap pada institusi dengan jumlah mahasiswa relatif kecil. Kondisi tersebut mencerminkan ketidakproporsionalan sekaligus potensi pemborosan yang perlu segera dibenahi.
Padahal, anggaran negara sangat dibutuhkan untuk memperluas akses pendidikan tinggi melalui perguruan tinggi negeri (PTN) dan perguruan tinggi swasta (PTS) yang selama ini menjadi tulang punggung layanan pendidikan tinggi bagi masyarakat.
Hasil klasifikasi dan penataan PTKL oleh Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi menunjukkan terdapat 15 PTKL kedinasan, 87 PTKL nonkedinasan, dan 22 PTKL campuran. Penataan itu juga menemukan adanya tumpang tindih program studi dengan perguruan tinggi di luar PTKL, termasuk program studi yang tidak sesuai dengan tugas dan fungsi kementerian/lembaga terkait.
Disebutkan, efisiensi anggaran dan akuntabilitas publik perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL) menjadi sorotan karena biaya operasionalnya jauh lebih tinggi dibandingkan perguruan tinggi negeri (PTN). Selain itu, banyak program studi di PTKL juga dinilai tumpang tindih dengan perguruan tinggi umum.
Sejak 2018, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) sebenarnya telah melakukan evaluasi mendalam terhadap penyelenggaraan PTKL. Evaluasi tersebut menemukan adanya tumpang tindih kewenangan antara kementerian teknis dan kementerian yang membidangi pendidikan, yang berimplikasi pada pemborosan keuangan negara.
PTKL tercatat memperoleh alokasi rata-rata sekitar Rp 2,8 juta per mahasiswa per semester, jauh lebih tinggi dibandingkan PTN yang sekitar Rp 1,6 juta. Sementara itu, perguruan tinggi keagamaan Islam negeri (PTKIN) hanya menerima sekitar Rp 441 ribu per mahasiswa per semester.
Saat itu, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) secara tegas merekomendasikan agar pemerintah melakukan penataan dan evaluasi menyeluruh terhadap perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL). KPK juga menegaskan bahwa PTKL semestinya berfokus pada penyelenggaraan pendidikan kedinasan, bukan pendidikan tinggi umum.
Analisis Panja PTKL Komisi X DPR menyebutkan, dualisme tata kelola PTKL membuat mekanisme pembiayaan menjadi tidak efisien dan sulit dipertanggungjawabkan secara konsisten. Selain itu, aspek-aspek utama penunjang mutu pendidikan—seperti pendanaan, infrastruktur, kualitas dosen dan tenaga kependidikan, serta produktivitas riset—masih menjadi titik lemah mayoritas PTKL.
Laporan tersebut juga mencatat masih banyak PTKL yang belum mencapai skor optimal, terutama pada aspek yang menentukan daya saing institusi serta kontribusinya bagi masyarakat dan pengembangan ilmu pengetahuan.
Karena itu, Panja PTKL Komisi X DPR meminta pemerintah segera menata kembali tata kelola PTKL yang selama bertahun-tahun menunjukkan gejala tumpang tindih kewenangan, inefisiensi anggaran, dan ketidakefektifan pembinaan pendidikan tinggi. Panja juga mendorong penyusunan regulasi yang lebih kuat untuk memperjelas arah dan fungsi PTKL.
Ketua Komisi X DPR Hetifah Sjaifudian yang dihubungi di Jakarta, Kamis (7/5/2026), mengatakan penggunaan anggaran pendidikan sebesar 20 persen dari APBN dan APBD akan diatur kembali secara lebih tepat melalui rancangan Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional (RUU Sisdiknas) yang tengah diinisiasi DPR.
“Kami juga akan menjadikan putusan Mahkamah Konstitusi sebagai landasan dalam RUU Sisdiknas yang melarang program nonpendidikan dibiayai dari pos anggaran pendidikan 20 persen. Revisi ini diharapkan memiliki kekuatan konstitusional sehingga tidak mudah diubah oleh kebijakan pemerintah mana pun,” kata Hetifah.
Secara terpisah, Ketua Umum Asosiasi Perguruan Tinggi Swasta Indonesia, M Budi Djatmiko, mengatakan ekosistem pendidikan tinggi saat ini memerlukan restrukturisasi melalui spesialisasi fungsional untuk menyelamatkan APBN, meningkatkan angka partisipasi kasar (APK) pendidikan tinggi, sekaligus memperkuat kedaulatan riset nasional. Menurut dia, skema tersebut dapat menciptakan ekosistem pendidikan tinggi yang terintegrasi tanpa saling tumpang tindih.
Budi menilai perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL) sebaiknya difokuskan pada bidang-bidang strategis yang bersifat rahasia dan spesifik, seperti militer, kepolisian, dan intelijen. Sementara itu, perguruan tinggi negeri (PTN) diarahkan untuk mendorong kemajuan ilmu pengetahuan dan riset berkelas dunia. Adapun perguruan tinggi swasta (PTS) berperan memastikan masyarakat hingga daerah pelosok memperoleh pendidikan tinggi yang relevan dengan kebutuhan pekerjaan di wilayah masing-masing.
“Ketidakadilan antara PTN, PTS, dan perguruan tinggi kedinasan bukan sekadar persoalan jumlah mahasiswa, melainkan persoalan desain sistem. Ketika negara terlalu dominan pada satu aktor, yakni PTN dan perguruan tinggi kedinasan, maka aktor lain, terutama PTS, kehilangan ruang hidup. Karena itu, reformasi kebijakan harus diarahkan pada keseimbangan ekosistem, bukan dominasi sepihak,” kata Budi..
Ketua Umum Aliansi Dosen Akademik dan Vokasional Seluruh Indonesia (ADAKSI), Anggun, mengatakan ketimpangan antara perguruan tinggi di bawah Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi dan perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL) telah lama menjadi persoalan serius dalam tata kelola pendidikan tinggi nasional. Karena itu, pemerintah dinilai perlu memiliki grand design pendidikan tinggi yang lebih adil dan terintegrasi.
“Evaluasi terhadap PTKL harus dilakukan secara objektif dengan berbasis pada kontribusi akademik, efisiensi anggaran, kualitas lulusan, produktivitas riset, serta dampaknya bagi masyarakat. Jangan sampai pendidikan tinggi justru menjadi arena birokratisasi dan ego sektoral antarkementerian,” kata Anggun.
Menurut dia, tata kelola pendidikan tinggi yang tumpang tindih serta ketidakadilan alokasi anggaran pendidikan turut memicu ketidakadilan struktural di kalangan dosen aparatur sipil negara (ASN). Padahal, para dosen ASN sama-sama menjalankan tridarma perguruan tinggi, tetapi tingkat kesejahteraan dan dukungan institusional yang mereka terima sangat berbeda.
Ketua Umum Aliansi Dosen Akademik dan Kevokasian Seluruh Indonesia (ADAKSI) mengatakan persoalan ketimpangan antara perguruan tinggi di bawah Kemendiktisaintek dengan PTKL sudah lama menjadi problem serius dalam tata kelola pendidikan tinggi nasional. Pemerintah diminta untuk memiliki grand design pendidikan tinggi yang lebih adil dan terintegrasi.
“Evaluasi terhadap PT K/L harus dilakukan secara objektif berbasis kontribusi akademik, efisiensi anggaran, kualitas lulusan, riset, dan dampaknya terhadap masyarakat. Jangan sampai pendidikan tinggi justru menjadi arena birokratisasi dan ego sektoral antarkementerian,” kata Anggun.
Menurut Anggun, dampak tata kelola pendidikan yang tumpang tindih dan ketidakadilan aloaksi anggaran pendidikan menyebabkan terjadi ketidakadilan struktural antardosen ASN. Padahal, dosen ASN sama-sama menjalankan tridharma perguruan tinggi, tetapi kesejahteraan dan dukungan institusionalnya sangat berbeda.
“Banyak perguruan tinggi kementerian/lembaga (PTKL) memperoleh dukungan anggaran yang relatif besar. Namun, tidak semuanya menunjukkan produktivitas akademik, kualitas riset, maupun pengembangan sumber daya manusia dosen yang lebih baik dibandingkan perguruan tinggi di bawah Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi.
